Obec Margecany sa nachádza pri sútoku riek Hornád a Hnilec na ľavom brehu Ružínskej priehrady vo výške 330 m n. m. Najvyššie miesto leží v severovýchodnom výbežku Čiernej hory, je to Roháčka s nadmorskou výškou 1.028 m n. m. Najnižšie miesto 320 m n. m. sa nachádza na nive Hornádu pri Ružinskej priehrade.

Margecany ležia medzi geografickými súradnicami 48° 52´ a 48° 56´ severnej šírky, 20° 58´´ a 21°04´´ východnej dĺžky. Kataster obce sa nachádza prevažne v geomorfologickom celku Čiernej hory, iba malý výbežok na juhozápade patrí do Volovských vrchov.

Obec Margecany má dve miestne časti a to Margecany a Rolova huta. Margecany predstavujú významnú obec v okrese Gelnica v Košickom kraji. Ležia excentricky v severovýchodnej časti okresu na križovatke hlavných ciest č. 546 Prešov – Nálepkovo a č. 547 Košice – Sp. Podhradie. Majú dôležitú polohu na železničnej trati č. 180 Košice – Žilina – Bratislava, ku ktorej sa pripája železničná trať č. 170 ( tzv. stredoslovenská magistrála ) Zvolen – Margecany. Od okresného mesta Gelnica je obec Margecany vzdialená po ceste aj železnici okolo 9 km. Od krajského mesta Košice je vzdialená po hlavnej ceste 38 km a po železnici 35 km.

Kataster Margecian susedí na severovýchode s chotárom Miklušoviec, Klenova a Hrabkova, na juhu a juhozápade hraničí s obcou Jaklovce a na západe s Kluknavou. Východnú hranicu má spoločnú s Košickou Belou. Dĺžka katastrálnych hraníc je okolo 17.140 m.